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Culiacán, un lugar acostumbrado a festejar los hits y las carreras de los Tomateros de Culiacán, se convirtió abruptamente en la sede de los Dorados. Fue el 8 de agosto de 2003 cuando el balompié de la Primera División 'A' de México hizo su aparición en territorio sinaloense, cuando Eustaquio de Nicolás y Valente Aguirre anunciaron la creación de los Dorados.

El primer ascenso a la Primera División de México

Antes de iniciar su participación en el Torneo Apertura 2003 de la Primera División 'A' de México, la directiva sinaloense tenía prevista la consecución del ascenso hasta tres o cuatro años más tarde, sin embargo, la escuadra dirigida por Juan Carlos Chávez accedió a la final el 20 de diciembre del 2003. Los sinaloenses alcanzaron su primer título al vencer con gol de oro de Guadalupe Castañeda a las Cobras de Ciudad Juárez. Durante el torneo de clausura, el campeón sinaloense se mantuvo en las primeras posiciones y volvió hasta la final. El Club León se impuso por dos a uno en el global y obligó a que se disputara una nueva serie entre ambos para definir cuál de los dos ascendería a la Primera División de México. El primer partido terminó con un empate a dos goles en el Estadio León. En el segundo partido; en el minuto ochenta, Roberto Domínguez marcó el tanto que selló el ingreso a la Primera División de México por primera vez en su historia, convirtiéndose en el primer equipo de la zona noroeste de México en jugar en dicha división (años después ascenderían los Xolos de Tijuana).

Debut en Primera División: Torneo Apertura 2004

El 15 de agosto de 2004 Dorados de Sinaloa debutó en la Primera División de México, enfrentando al Club América en el Estadio Azteca siendo derrotados; Jared Borgetti y Andrés Orozco consiguieron los primeros goles del equipo en Primera División de México. El 21 de agosto de 2004, en el Estadio Banorte se logró el primer triunfo de los Dorados. Con un par de goles de Jared Borgetti, los dorados vencieron por 2 goles a 1 al Santos Laguna. Sin embargo, el sistema de competencia en el fútbol mexicano por mantenerse en Primera División y los escasos resultados satisfactorios marcaron la salida de Guimaraes y José Luis Real asumió la dirección técnica. Los problemas porcentuales de Dorados eran severos y su plantel no parecía tener la capacidad para revertir la situación. Aunado a esto, la actuación de los Tecos en las primeras jornadas provocó que la batalla por no descender fuera una exclusividad de Puebla FC y Dorados.

Torneo Clausura 2005: La salvación

Tras las siete fechas iniciales del Clausura, Dorados registraba apenas cinco unidades obligando la renuncia como director técnico de José Luis Real, quien pasó a ocupar el puesto de director deportivo. Carlos Bracamontes fue designado por la directiva como el sustituto de Real, ligó cuatro victorias y dos empates en seis enfrentamientos.

En la penúltima jornada del Clausura 2005 se jugaba la permanencia, donde los sinaloenses tenían que enfrentar al Atlas y era una gran oportunidad al saber que el Puebla FC había perdido 2-1 contra el Veracruz, por lo que era obligación empatar o ganar el partido para asegurar la permanencia; Ya en el partido y a pesar de que el Atlas tenía la ventaja gran parte del partido con un 2-0, el equipo de Sinaloa empezó a reaccionar con los goles de Andrés Orozco y Pedro Iarley, todavía se mantenía la vela de la salvación pero no era suficiente; un solo gol era la diferencia. Sorpresivamente con un disparo potente fuera del área por parte de Aurelio "Negro" Molina sobre el final de partido, el equipo del Gran Pez logró la hazaña al ganar 3-2 a los rojinegros. Con este resultado, el Puebla FC descendería y Dorados se mantendrían en la máxima categoría por otro año más.

Apertura 2005 y Clausura 2006; los grandes fichajes y el Descenso

Después de salvarse y mantener la categoría, la directiva se encargó de que se adquirieran refuerzos fundamentales en cada una de las líneas para el Apertura 2005; así llegaron jugadores como Ángel "Matute" Morales, el regreso de Guadalupe Castañeda y de Sebastián "El loco" Abreu, este último debutó con la escuadra sinaloense en plan goleador contra el Atlante, anotando sus 2 primeros goles el sábado 30 de julio de 2005. En ese torneo consiguió el título de goleo individual con 11 anotaciones, hecho que repetiría en el torneo siguiente (clausura 2006). Por otro lado, Dorados en las primeras 7 jornadas no estaba ofreciendo un buen fútbol por lo que la directiva contrata al técnico español Juan Manuel Lillo que sustituiría a Jesús Bracamontes en la jornada 8 y con él en el banquillo, el equipo empezó a ver mejoría y se quedó a solo 4 puntos de poder acceder a la liguilla por el título, pero en ese torneo hizo buena cosecha de puntos para pensar de nuevo en la salvación para el próximo torneo que vendría.

Para el Clausura 2006 Dorados pasa por una de las etapas más difíciles de su corta existencia, a pesar de contar con la misma base del torneo anterior y con un refuerzo de lujo como Pep Guardiola, famoso jugador español que terminó retirándose con el club. Dorados empezó bien el campeonato, e incluso se llegaba a pensar que Sinaloa tendría liguilla por primera vez en su historia por el buen juego que estaban desplegando; pero en los últimos partidos el equipo empezó a perder puntos importantes, cosa que el San Luis (recién ascendido y rival directo en el descenso) empezó a aprovechar después de un inicio tan turbio e incierto. Es hasta la última jornada del torneo donde Dorados define su situación ante los Pumas de la UNAM en el Estadio Banorte. A pesar del esfuerzo y la lucha dentro de la cancha, lamentablemente terminó el juego con empate 0-0 y combinándose con el triunfo de último minuto del San Luis sobre Atlas por 2-1, los sinaloenses descienden por primera vez a la entonces Primera División A.

El equipo de Dorados tiene el "récord" de ser el equipo que más rápido ha subido de Primera división A, a Primera División, desde su fundación; lo consiguió en tan solo un año (dos temporadas). Se combinaron diferentes circunstancias y después de permanecer durante 4 torneos en la máxima división mexicana el equipo Dorados descendió a la División de Ascenso para el torneo Apertura 2006.

Campeones Copa MX 2012

Tras una pausa de 15 años, el Torneo de Copa en México regresó en 2012, con la denominación de Copa MX, con lo que Dorados participó por primera vez en la competencia, y conquistó el título al vencer en tanda de penales 5-4 a Correcaminos de la UAT, tras empatar a 2 goles en tiempo reglamentario, con un gol de último momento de Alfredo Frausto, el arquero de Dorados, siendo así el primer campeón procedente de una Segunda división profesional en México (Ascenso MX) en ganar la Copa (en 1970, el Torreón había sido el único club de Segunda División que llegó a la final), y el primero bajo este nuevo formato. A su vez, los Dorados consiguieron el primer título mayor en su historia, ya que sus otros títulos que ostentan son de segunda división.

Segundo Ascenso y regreso a la Liga Bancomer MX

Desde su descenso en el Apertura 2006, el equipo intentó regresar en algunas ocasiones a la Primera División de México. Tuvo su momento al disputar la Final de Ascenso 2006 - 2007 contra la franja del Puebla (la cual ascendió este último) y tres subcampeonatos (Apertura 2007, Clausura 2008, Apertura 2012) dentro del Ascenso MX; a pesar de esto el cuadro sinaloense siguió siendo un animador del circuito de plata. En el Clausura 2015 se coronó campeón al derrotar al Atlético San Luis con marcador global de 3-1 ganando medio boleto y el derecho de ascender a la máxima categoría.

En la Final de Ascenso se enfrentó al Necaxa que fue campeón del Torneo Apertura 2014. En el partido de ida realizado el 16 de mayo de 2015 en el Estadio Banorte de Culiacán, terminaron con empate 1-1; el gol de Dorados fue por conducto de Raúl Enríquez y por el conjunto hidrocálido anotó el hondureño Roger Rojas. En el partido de vuelta celebrado el 23 de mayo de 2015 en el Estadio Victoria de Aguascalientes, con dos anotaciones del mismo Raúl Enríquez casi a punto de concluir el partido y con el marcador 2-0 (3-1 en el marcador global), el equipo sinaloense se coronó Campeón del Ascenso y consiguió el ascenso a la Liga MX después de 9 años de ausencia.

Segundo descenso

Tras los malos resultados de Dorados, se decide contratar a José Guadalupe Cruz para poder sacar al equipo a flote consiguiendo solamente 3 victorias,2 empates y 5 derrotas a la Jornada 14. Finalmente solo bastó con la derrota del club sinaloense en la jornada 14 por marcador de 5 a 2 contra los Tigres de la UANL en el Estadio Universitario, la cual oficializa su descenso a la división de plata para la temporada 2016-2017 después de haber permanecido solo un año en la Liga Bancomer MX.

Cuarto Título Ascenso MX

Al finalizar el torneo Apertura 2016 el club termina en la 5a posición logrando calificar a la liguilla, en cuartos de final supera al equipo de Potros U.A.E.M. en semifinales deja al conjunto Mineros Zacatecas. Finalmente vence en la final al conjunto de los Potros Atlante para así lograr su cuarta estrella en la división de plata.