Bayern Munchen II

La primera aparición del equipo en la liga superior de fútbol de Baviera (Grupo Sur de la Amateurliga Bayern), llegó en 1956 cuando quedó 2° en la 2. Amateurliga Bayern y avanzó a través de la ronda de promoción. Después de terminar su primera temporada en esa liga, donde se ubicó en la mitad de la tabla, terminó en 1957 y 1958 como subcampeón, dos puntos por detrás de su rival local el FC Wacker Múnich. Se repitió este logro en la temporada 1960-61, esta vez detrás del 1860 Múnich II. En 1963 la Amateurliga Bayern fue reunida y pasó a llamarse Regionalliga Süd (II), ahora como la segunda categoría en la región sur de Alemania, mientras que la Amateurliga continuó como tercera categoría. Por debajo de la Bayernliga nacieron tres Landesligas, donde sus campeones eran inmediatamente promovidos. Fue así como el Bayern Amateur descendió, y terminó en la Landesliga Bayern-Süd.

Al equipo le tomó cuatro temporadas para volver a la Bayernliga, tras ganar la promoción en 1966-67. El Bayern comenzó bien en la liga llegando 4° en su primera temporada, pero luego volvió a descender en 1971. Esta vez al equipo solo le tomó dos temporadas para volver a la división, logrando un campeonato en 1973.

Para la próxima temporada sería miembro de la Bayernliga, sin embargo, en todas las temporadas allí, el equipo nunca pudo ganar la liga. Igualmente el equipo no podía acceder a una división superior al ser un equipo reserva.

El equipo tuvo algunas malas temporadas, estando relativamente cerca el descenso solo una vez, en 1982. Logró tres subcampeonatos en 1983, 1984 y 1987 y, en general siempre se situaba en la parte superior de la tabla.

En 1994, con la introducción de la Regionalliga Süd, el equipo se clasificó cómodamente. Iba a ser un miembro de largo plazo en esta liga, hasta que en 2008 se formó la 3. Liga. El Bayern ganaría su primer título de liga en más de 30 años cuando ganó la Regionalliga en 2004. Siendo ya miembro de la 3. Liga, la división más alta a la que se le permite participar a un equipo de reserva, tuvo que quedarse en este nivel. En 2005, todas los equipos de reserva de los clubes de la 1. Bundesliga y 2. Bundesliga, cambiaron su nombre de Amateur a II, es decir, el Bayern de Múnich Amateur se convirtió en el Bayern de Múnich II.

En 2008, el equipo ganó nuevamente el ascenso a la 3. Liga, terminando 8°. El club jugó en este nivel durante tres temporadas antes de sufrir el descenso a la Regionalliga en 2010-11. Fue la primera vez desde 1973 que el equipo no iba a jugar en la tercera división, y también significó el final de Hermann Gerland como el entrenador del equipo.

Después de llegar segundo en la Regionalliga Bayern en la temporada en 2012-13, el equipo ganó la liga el año siguiente. En la ronda de promoción a la 3. Liga, perdieron en dos partidos contra los campeones de la Regionalliga West, el Fortuna Colonia.

En la temporada 2018-19 el equipo asciende de Regionalliga Bayern al ocupar la primera posición a la 3. Liga, la liga más alta que un equipo filial puede disputar.

En la temporada 2019-20 fue campeón de la 3. Liga, siendo así el primer equipo filial en ganar el torneo de tercera división.

En la temporada 2020-21 el equipo desciende a la Regionalliga tras dos temporadas en la 3.Liga en la que fue campeón en la temporada 2019-20.