Fortaleza

Sus orígenes se remontan hasta el 2007 como equipo amateur pero como profesional el club surgió a finales de 2010 cuando un grupo de compradores adquirió la ficha del Atlético Juventud Fútbol Club.​ Acosados por los requerimientos de Coldeportes y las deudas que bordeaban los 900 millones de pesos​ en salarios, seguridad social, hoteles y proveedores, las directivas del Juventud Girardot se mostraron dispuestas a vender la ficha al grupo de compradores liderado por Ricardo el ‘Gato’ Pérez, exjugador de Millonarios, y Víctor López, propietario del club La Fortaleza de Bogotá. La fundación del club se formalizó el 4 de enero de 2011 para la participación en la Categoría Primera B,Torneo de Ascenso o segunda división del fútbol profesional Colombiano.​​

Durante la temporada 2011,​ el equipo no logró clasificar a la instancia final, siendo eliminado en los torneos Apertura y Finalización por Expreso Rojo.

2013: Primer ascenso

En la temporada 2013​ queda campeón del Torneo Finalización frente a Deportivo Rionegro,​​ antes quedó primero del Grupo A superando a América de Cali,​ Uniautónoma y Real Cartagena pero más adelante perdería por 5-1 en el global de la Gran Final del Torneo frente a Uniautónoma,​ motivo por el cual jugó la promoción frente al Cúcuta Deportivo,​​ donde ganó en el global 2-1 ascendiendo a Primera División.​​

En la Temporada 2013 en la Copa Colombia del 2013 llegó hasta cuartos de final quedando eliminado por Millonarios.​​​

Durante las temporadas 2014 y 2016 fue el cuarto equipo de Fútbol en representar a la ciudad de Bogotá en la Categoría Primera A junto a los clubes de Millonarios, Santa Fe y La Equidad.

Descenso a Segunda División

Fortaleza regresó a la segunda división después de una temporada en la Primera división al tener un pésimo promedio durante el 2014​ y ser superado en la última fecha del Torneo Finalización por Uniautónoma ya que el equipo de Barranquilla le ganó 1-0 en el Estadio Metropolitano Roberto Melendez al Atlético Huila y el equipo de Bogotá empató 1-1 con el Deportivo Pasto en el Estadio Departamental Libertad y en al tabla de descenso quedó último con 112 puntos uno menos que Uniautónoma que debió jugar las serie de promoción contra el subcampeón de la Primera B de la temporada 2014 frente a Deportes Quindío.​​

2015: Segundo ascenso

Para la Temporada 2015,​ Fortaleza jugó en la Segunda División, el equipo se reforzó con jugadores jóvenes con el objetivo de ascender a la "A". Al finalizar la temporada el equipo logra quedar cuarto con 51 puntos en el todos contra todos, una semana después inician los cuadrangulares de Ascenso, Fortaleza queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Pereira, Leones y Unión Magdalena, el equipo logró salir primero de este cuadrangular con 15 puntos y así obtener de nuevo un cupo a la Categoría Primera A después de un año sin jugar en ella, después en la Final queda Subcampeón ante el Atlético Bucaramanga.​​

Segunda estancia en la Primera B

Vuelve a perder la categoría tras al finalizar último en la tabla de descenso de la temporada 2016,​​ dando así su regreso a la Primera B a partir del año 2017.​

En 2018​ se confirma su nueva sede en el municipio de Cota para los equipos profesionales (masculino y femenino) tanto en sede deportiva como en estadio.

En el 2019 clasificó a los Cuadrangulares Semifinales, pero quedó eliminado de pasar a la final del Torneo Finalización por Boyacá Chicó,​ bajo el mando técnico de David Barato,​​​ hermano del presidente del club Carlos Barato.​

En el 2021-I clasificó a los Cuadrangulares Semifinales pero quedó cuarto del grupo A.​

Denuncia por presunto arreglo

Véase también: Escándalo por presunto arreglo.

En la última fecha de los Cuadrangulares Semifinales de la Primera B 2021-II, el Unión Magdalena debía ganar como visitante a Llaneros, logrando dos goles en los minutos 90+5 y 90+6 mientras Fortaleza CEIF perdía como local 1-2 ante Bogotá FC. Este hecho generó la protesta de Fortaleza por la sospecha de arreglo a favor del equipo samario, debido a la pasividad de algunos jugadores de Llaneros.​​​ Los hechos se convirtieron en un escándalo nacional solo comparable con la polémica en los Cuadrangulares Semifinales de la Primera B 2004 entre Valledupar y Real Cartagena.​ El hecho trascendió a la prensa internacional,​ y debido a las repercusiones, inclusive por parte del presidente de la República Iván Duque,​ hizo que Fernando Jaramillo, presidente de la Dimayor, ordenara una investigación de oficio por el caso.​ Sin embargo, se mantuvo el triunfo de Unión Magdalena en el Cuadrangular B y su ascenso a la Primera A 2022,​ y aunque la Final entre Cortuluá y Unión Magdalena fue programada inicialmente para el sábado 11 de diciembre,​ fue posteriormente aplazada.​ El 31 de diciembre de 2021, la Comisión Disciplinaria de la Dimayor archivó la investigación en contra del Unión Magdalena,​ pero a pesar de que se mantuvo la investigación en contra de Llaneros por los hechos del partido no hubo consecuencias.

2023: Tercer ascenso

La temporada 2023 es la más exitosa de Fortaleza CEIF al lograr el primer puesto en la reclasificación del año bajo la dirección técnica de Sebastián Oliveros, se clasifica a los cuadrangulares semifinales como primero del grupo A, de este grupo comienza empatando 1:1 en el estadio Doce de Octubre contra Boca Juniors de Cali, ganó 3 partidos pierde 3:0 en el estadio Metropolitano Ciudad de Itagüí contra Leones y volveria a ganar 2:1 contra el Boca Juniors de Cali en el estadio Metropolitano de Techo jugaria la final del Torneo Finalización contra el Cúcuta Deportivo en donde perderia 1:0 de visita en el estadio General Santander. La vuelta se jugaria en la ciudad de Bogotá en el estadio Metropolitano de Techo donde Fortaleza CEIF lograría darle vuelta al marcardor 2:0 y llegar a ganar la final del Torneo Finalización y consiguió su ascenso por tercera vez a la Primera A​, con el goleador Jhonier Blanco como jugador clave en la temporada.​​ En la gran final del año, Fortaleza fue superado por Patriotas Boyacá que también logró su ascenso.​