Naval

En 1991, tras la desafiliación de Deportes Naval del fútbol profesional, y ante la negativa de la Armada de Chile de poner la institución en manos de la comunidad, el municipio de Talcahuano designa al "Club Deportivo Los Náuticos" (fundado en 1972) como nuevo representante de la ciudad en las competiciones nacionales. "Los Náuticos" participaron bajo ese nombre en el torneo de Tercera División de ese año.

En 1992, modificó su nombre al de Club de Deportes Talcahuano, el cual compitió en Tercera hasta que en el torneo de 1999, se coronó campeón de la categoría, ascendiendo a Primera B. De esta forma, Talcahuano puso término a un largo transitar por el amateurismo, donde prolongar la historia del viejo Naval no fue tarea fácil.

En la Primera B, Deportes Talcahuano fue un permanente protagonista de la categoría. De hecho, en su primer año de profesionalismo rozó la hazaña de ascender a Primera División, no obstante, debió conformarse con un meritorio tercer lugar aquel campeonato 2000, mientras que en la Primera B 2001 finalizó en quinto lugar. Tras no lograr el objetivo de ascender nuevamente el siguiente año, emigraron del club pilares importantes, por lo cual el equipo pierde protagonismo y en la Primera B 2003, finalizó en la posición décimo tercero de 16 equipos. Erwin Concha, José Pastrana, Cristián Oviedo, Ricardo Bascuñán, Elías Quijada, Sandro Navarrete, Elton Troncoso, Luis Díaz, Sergio Zúñiga y Luis Sanhueza, fueron algunos de los jugadores destacados que vistieron la casaquilla chorera de Deportes Talcahuano durante ese período en la Primera B.

Regreso de Naval

El 27 de marzo de 2004 cambió de nombre a Naval, reviviendo el nombre del extinto Deportes Naval de Talcahuano, club perteneciente a la Armada de Chile que había sido fundado el 21 de mayo de 1944 y que en febrero de 1991 se retiró del campeonato de Primera División. El nuevo Naval re-debutó como local en el Estadio El Morro el 13 de marzo de 2004 venciendo a Deportes Concepción por 2 goles a 1 con tantos de Francisco Michea y César Burgos.​ La temporada de Primera B 2004 mostró a un Naval protagonista de principio a fin, pero tal como había sucedido con Deportes Talcahuano en años anteriores, no se logró el ascenso y debió resignarse a quedar en la categoría.

El club auguró con realizar un gran campeonato el año siguiente tras vapulear en el debut a Fernández Vial por 4 goles a 0. Sin embargo, la crisis económica que vivió la institución a lo largo del año, derivó en que el Tribunal de Disciplina de la ANFP le descontara 3 puntos por sueldos impagos, 9 puntos por el no pago de finiquitos​ y 15 puntos por la no presentación del plantel profesional ante Magallanes en septiembre de ese año, esto último, en una decisión que tomaron los jugadores debido al incumplimiento de sus sueldos.​ A raíz de esto, Naval sufrió el descenso a la Tercera División, definiéndose su situación en el último partido el cual jugó de visita en Coronel contra el equipo de Lota Schwager, cayendo por 0-1. Como hito, el estadounidense Chase Hilgenbrinck se convirtió ese año en el primer extranjero en vestir la camiseta de Naval.​

Naval S. A.

El 17 de noviembre de 2006, en una asamblea de socios se da el puntapié inicial para transformar a Naval en una Sociedad Anónima Deportiva, planteándose el objetivo de llegar a la Primera División del fútbol chileno.

En 2008 y tras 3 años en Tercera, Naval logró el ascenso a la Primera B. Lo consiguió luego de una férrea competencia con Deportes Temuco, ya que ambos llegaron con igualdad de puntos a la última fecha del torneo. Un empate 1-1 ante Magallanes en el Estadio Santiago Bueras de Maipú, con gol de John Munizaga a los 89' le bastó para superar a los temuquenses, que cayeron ante Colchagua por 3-2 (curiosamente el gol del triunfo de Colchagua fue anotado en simultáneo al gol de Naval).​​ Resultaron ser pilares fundamentales para conseguir el título, el arquero José Acevedo, Iván "Pichunga" Herrera, autor de un gol clave en la penúltima jornada ante Iberia, John Munizaga, quién convirtió los ocho penales que ejecutó en el torneo incluyendo el del título y el delantero Freddy Tapia, goleador del equipo con 15 tantos.

De regreso en Primera B, en las temporadas 2009 y 2010, con la base de jugadores que había logrado el título del 2008, el club se ubica en la medianía de la tabla, mientras que en el 2011, pese a lograr el segundo lugar de la tabla anual, el sistema de campeonato impidió a Naval ascender en forma directa a Primera División, debiendo jugar la liguilla de promoción frente a Santiago Wanderers, perdiendo 1-0 de local y empatando 2-2 de visita, situación que lo hizo seguir en la misma división para el año 2012. Aquel plantel dirigido por Víctor Merello tuvo como figuras destacadas al portero argentino Luis Aseff, al defensa Jorge Aquino, al lateral Boris Sandoval (que fue transferido a Huachipato a mitad de año), al volante Matías Grandis y al delantero seleccionado guatemalteco Minor López. En la Primera B 2012, Naval jugó su mejor partido del año venciendo 3-1 a Ñublense en Chillán y de paso, acabar con el invicto de 18 partidos sin perder que tenía el elenco rojo. El club alcanzó el tercer lugar en el Clausura de ese año, destacando el aporte de los hermanos Christian y Matías Leichner y el regreso al Estadio El Morro tras su primera etapa de reconstrucción después de ser azotado por el Terremoto y tsunami de 2010.

En la temporada 2013-14 y con Mario Lepe como DT, irrumpen en el primer equipo juveniles como Ulises Castagnoli, Luis Cabezas y Diego González lo que sumado a la experiencia de Jaime Barrientos y Mario Salgado entre otros, le permitió a Naval mantener la categoría. Sin embargo, el equipo Chorero fue denunciado por presentar irregularidades en el pago de las cotizaciones previsionales de los jugadores y debido a ello, la ANFP decidió castigar al club con el descenso a la Segunda División Profesional en mayo de 2014.​​​​

En Segunda División, Naval finalizó décimo en la temporada 2014-15 y quinto el 2015-16. Para el torneo de Segunda División 2016-17, el club mantuvo a importantes jugadores de años anteriores como son José Tiznado, Jeriberth Carrasco, Gustavo Merino, Fabián Alarcón y Matías Sanhueza, además de "repatriar" a Mario Salgado, quien regresó al puerto tras un año fuera de la institución. En noviembre de 2015, después de actuar como local en diferentes estadios de la zona, el club regresa al Estadio El Morro luego de finalizada la última etapa de remodelación del recinto. En el partido ante Deportes Melipilla (1-1), Naval re-debutó en el remozado reducto de Talcahuano.

Sanción de la ANFP y rechazo de postulaciones a Tercera A y B

En el Torneo de Transición de Segunda División Profesional 2017, el equipo finalizó en 2.º lugar en la tabla de posiciones. Sin embargo, por deudas salariales y previsionales con sus jugadores, la ANFP sancionó a Naval con el descenso a Tercera División A para la temporada siguiente.​​ Pero para empeorar las cosas, la ANFA prohibió la eventual postulación del club chorero a esa categoría, con el argumento de tener deudas con la asociación profesional.

Debido a ello, el club pasó por un proceso de re-estructuración interna, lo que les mantuvo en condiciones para postular a Tercera División B. Sin embargo, su postulación a la categoría para la temporada 2019 fue rechazada por ANFA con el mismo argumento que en el año anterior, dejando al club sin ningún torneo por un año más.​

Mientras que por otro lado la Corporación en tribunales y la hinchada del club, en manifestaciones sociales, pedían que el equipo entrase en Tercera División antes de que fuera demasiado tarde, la Sociedad Anónima peleó la opción de volver a la categoría en que estaba, Segunda División Profesional, a través de su S.A., esto a raíz de un fallo en un Tribunal de Justicia que dio por resolución la medida cautelar de no desafiliar al club, dando la opción de que Naval de Talcahuano regrese al fútbol profesional, tras ser bajado de categoría de forma irregular por la ANFP, además de buscar apercibir por desacato al presidente de la asociación Sebastián Moreno, por el incumplimiento de la orden.​

Retorno a la Segunda División Profesional, pero en calidad de invitado

El 4 de junio de 2019, el equipo fue reintegrado a la ANFP para jugar ese mismo año en la Segunda División Profesional, que ya llevaba disputada la Primera Rueda, aunque en calidad de invitado, es decir, jugando cada fecha contra los equipos que quedaban libres sin sumar puntos para la competencia, todo esto mientras continuaban los procesos judiciales, luego de un acuerdo entre la dirigencia del club, la ANFP y el Sifup,​​ que incluía además el término del paro de futbolistas profesionales, que el Sifup planteó la semana anterior en apoyo al club sureño.​ Su primer partido fue contra Fernández Vial y terminó empatado uno a uno.​ Finalmente, este fue el único partido que Naval jugó como equipo invitado de Segunda División, y ya que la resolución con el ente rector del fútbol profesional chileno no aseguraba el ingreso a la categoría en la siguiente temporada, sumado a que siguen pendientes los juicios entre ambas partes.​ Desde entonces el club no ha podido lograr avances para regresar a las competencias oficiales.​

Aceptado en la Tercera División B

En enero de 2022, la ANFA aceptó al club del ancla, para participar en la Tercera División B 2022 (quinta categoría del fútbol chileno), lo que significó el regreso de Naval a las competencias oficiales del fútbol chileno, luego de muchos años de receso. Durante su primera temporada en la categoría, en la fase regular, tuvo una destacada participación clasificando como segundo del grupo sur al hexagonal final de ascenso.

A falta de una fecha del final del campeonato, Naval es sancionado debido a incidentes al exterior del estadio previo al duelo con Santiago City en Talcahuano, siendo el único equipo del hexagonal final en no ascender a Tercera División A 2023, terminando de forma prematura su participación en el hexagonal final quedando en cuarta posición con un partido menos.

Cabe destacar que durante la temporada el equipo de Talcahuano terminaría invicto de local y aceptado para participar Tercera División B 2023