Deportivo San Martín

Fue fundado a inicios del año 2004 por la Universidad de San Martín de Porres y fue el primer club del Perú que se organizó como una Sociedad Anónima.​ Ascendió a la Primera División del Perú al comprarle la categoría al club Sport Coopsol, que había campeonado en la Segunda División Peruana.​

En aquella temporada casi descienden a la Segunda División. En el Torneo Apertura bajo la DT. de Oblitas acabó último con 10 puntos, en el Clausura debía hacer 44 puntos para salvarse de la baja, e hicieron 47 con lo que se salvaron en el último partido del año al ganarle 0-1 a Unión Huaral en su estadio, teniendo como técnico al argentino Oscar Malbernat. Terminaron segundos del Clausura, pero no les sirvió para clasificar a algún torneo internacional, pues en el acumulado estuvieron muy relegados.

En el Torneo Apertura 2005 acabaron séptimos luego de un mal arranque, pero la remontada no sirvió para llegar a puestos de honor, cosa que si pasó en el Clausura al quedar segundos, clasificando a la Copa Sudamericana 2006.​ El 26 y 29 de enero de 2006, el club afronta sus primeros partidos internacionales amistosos, San Martín goleó al entonces subcampeón colombiano Real Cartagena de Colombia por 3-0 jugando de visita en el Estadio Arturo Cumplido Sierra,​ luego cayó por 5-2 frente al Deportivo Pereira en el Estadio Hernán Ramírez Villegas.​

En el Torneo Apertura 2006, luego de una mala racha, Juan Antonio Pizzi fue contratado e hizo que el club llegue a ubicarse entre los clubes de honor, al quedar quinto.​​ Luego en la Copa Sudamericana 2006 fue eliminado por goles de visita ante el Coronel Bolognesi. Perdió 1-0 en Tacna, pero en el Monumental ante 3000 alumnos de la Universidad, ganó 3-2, siendo su primer triunfo en un torneo continental, pero no pudo pasar a la siguiente fase.

Primera Corona

El domingo 27 de mayo de 2007 se consagró campeón del Torneo Apertura venciendo 2-1 a Cienciano en el Estadio Inca Garcilaso de la Vega en Cusco.​ En junio de 2007, San Martín viajó a Colombia para enfrentar en partido amistoso al Once Caldas el resultado fue de 1-0 a favor de los locales.​ En julio, durante la para por la Copa América 2007 San Martín participa de un cuadrangular en Lima organizado por el club Sporting Cristal, donde fueron invitados la Liga Deportiva Alajuelense de Costa Rica con quien empató 1-1 y la Universidad Católica de Chile con quien perdió por 4-1.​ El domingo 16 de diciembre, a pesar de caer 0-2 de local frente a Universitario de Deportes, salió campeón nacional del Campeonato Descentralizado por primera vez en su historia, sin disputar el play off, debido a que el campeón del Torneo Clausura 2007, Bolognesi de Tacna, no se había clasificado en el Apertura entre los primeros puestos. Este título le permitió a la Universidad San Martín participar en la Copa Libertadores 2008.

El Bicampeonato

En febrero de 2008, San Martín fue invitado a un cuadrangular de pretemporada realizado en Uruguay llamado Copa Suat, donde le ganó al Tacuary de Paraguay por 1-0​ y perdió por penales contra Nacional de Uruguay.​ En Ecuador la Copa del Pacífico​ y en Argentina la Copa Ciudad de Santa Fe.​ En su primera participación en la Copa Libertadores 2008 el equipo debutó con un triunfo sorpresivo contra River Plate por 2-0 que contaba con Ariel Ortega como una de sus figuras, sin embargo perdería los siguientes duelos con la Universidad Católica en Lima por 1-0 y con el América en México por 3-1. En Lima le ganó a las águilas por 1-0 con gol magnífico del uruguayo Mario Leguizamon, pero se despedirira con derrota sobre la Universidad Católica en Chile por 1-0 faltando cinco minutos para finalizar el partido. En su último partido fue goleado por los millonarios en Argentina por 5-0, despidiéndose en el último lugar del Grupo 5 con apenas 6 puntos.

Su participación en el Torneo Apertura 2008 fue importante. Tras un mal arranque logró el tercer lugar. En el Torneo Clausura terminaron como campeones, logrando el bicampeonato nacional del Campeonato Descentralizado debido a que Universitario de Deportes -campeón del Apertura- no logró ubicarse entre los siete primeros, lo que impidió que hubiese una definición entre ambos equipos.^{[cita requerida]}

Tercera Corona

En el Campeonato Descentralizado 2010 vuelve a consagrarse como campeón, tras derrotar en la final al León de Huánuco. De la mano del entrenador Aníbal Ruiz, empató en Huánuco 1-1 con gol de Alemanno y venció por 2-1 en Lima con goles de Pedro Alexandro García y Pablo Vitti.

En la temporada 2011 el equipo se mantuvo durante la primera parte de la tabla debajo de los primeros puestos con una racha negativa de 12 partidos sin ganar tanto en el Torneo Descentralizado como en la Copa Libertadores 2011, se rumoreó la salida del DT. Ruiz pero el equipo volvió al triunfo el 7 de mayo de con una sorprendente victoria de 4-0 sobre el puntero de aquel entonces Alianza Lima. De ahí en adelante el equipo santo tuvo una campaña aceptable clasificando a la Copa Sudamericana 2012.

El Resurgir (2012-2020)

El año 2012 empieza con grandes cambios en el club ya que tras acuerdo de la directiva y el DT Aníbal Ruiz se rescinde su contrato y asume Franco Navarro como nuevo entrenador por toda la temporada.

El 20 de febrero de ese año, luego de una reunión de los directivos del club, a raíz de una huelga de jugadores por problemas en el campeonato profesional, se decidió retirar al Club Deportivo Universidad de San Martín de Porres del campeonato y cerrar el club. Hubo indicios de redimir su accionar, pero tras dos reuniones entre los directivos del club y la Federación Peruana de Fútbol, el club decidió retirarse definitivamente el día 2 de marzo de 2012 debido al estado del torneo peruano como cita el comunicado enviado por el club a la Federación Peruana de Fútbol:

«La causa fundamental del anuncio de nuestro retiro del fútbol profesional, obedece no solo al problema suscitado por la Agremiación y nuestros jugadores, sino también al estado real de algunos clubes e instituciones que persisten reiterativamente en la informalidad absoluta y que ha dado lugar de manera inequívoca a la realización de censurables actos de corrupción que no han tenido respuesta contundente de la ADFP (Asociación Deportiva de Fútbol Profesional) y la FPF (Federación Peruana de Fútbol).»​

El día miércoles 7 de marzo, directivos de la SAFAP (Agremiación de Futbolistas Profesionales Perú) se reúnen con los directivos de la Universidad San Martín. Al día siguiente, La Agremiación emite un comunicado oficial ofreciendo las disculpas del caso por las declaraciones de su asesor legal, quien había manifestado que la San Martín buscó una excusa para salirse del fútbol. Mientras que en tienda santa hicieron lo propio por las frases agraviantes de Álvaro Barco. La SAFAP señaló que, iniciará de inmediato las gestiones ante la FPF para lograr que el club santo se incorpore al Torneo Descentralizado bajo todas las garantías normativas, económicas y de control financiero que deben tener un torneo como el peruano.​

El 14 de marzo del 2012 después de una asamblea, el club regresa al fútbol profesional, con 12 votos a favor y 2 en contra (Sport Huancayo y Cienciano).​

Con Franco Navarro fue presentado técnico de la Universidad San Martín de Porres la campaña fue irregular.

A fines de junio Ángel Cappa asumió a "los santos", que se ubicaban en la 13.ª posición. Finalizó la temporada con 9 victorias, 7 empates y 6 derrotas dejando al equipo en el 8.º lugar del Campeonato Descentralizado 2012, a 1 punto de clasificarse a la Copa Sudamericana 2013. Cappa renunció el 25 de noviembre tras jugar la última fecha del torneo, luego de vencer por 2 a 0 al Sport Huancayo, debido a que los dirigentes no le garantizaban la continuidad de ciertos jugadores importantes del plantel.

En 2013 Aníbal Ruiz vuelve a tomar el cargo de DT. Luego sería reemplazado por Julio César Uribe. En el año 2014 el club disputó la final del Torneo del Inca 2014 con Alianza Lima, donde los blanquiazules ganaron 5-3 en definición por penales.

Durante los torneos del 2016 al 2018 el club desempeñó campañas irregulares, logrando la onceava posición. En las campañas 2019 y 2020 el club ocupó decimotercer y el decimoprimer puesto respectivamente de la tabla acumulada al finalizar la Liga 1 sin conseguir alguna oportunidad de clasificar a un torneo internacional.

Declive y Descenso (2021-2022)

En la temporada 2021, el club logró ser campeón de la Liguilla A, de la fase 1. Posteriormente, se enfrenta con Sporting Cristal por el campeonato de la fase 1, cayendo por 0-2. En la fase 2, tras una serie de derrotas sucesivas, se comprometió en la lucha por el descenso. En la penúltima fecha, el club consiguió un triunfo importante por 3-1 contra Alianza Atlético, este resultado lo ayudó a aferrarse a la división profesional. Sin embargo, en la última fecha el club perdió la categoría tras caer de forma contundente 4-0 frente a UTC, ocupando la decimoséptima posición. A pesar de ello, San Martín y Deportivo Binacional presentaron una queja ante el TAS al verse como terceros afectados en el juicio que estaba dándose en ese momento del Cienciano contra Cusco FC.

El 20 de enero del 2022, el TAS ordenó modificar el resultado entre Cusco FC y Cienciano, lo cual generó un cambio en la tabla de posiciones final. Al día siguiente la FPF declaró que Cusco FC pierde la categoría, Binacional ocupará el puesto 15, mientras que San Martín pasó a ocupar el puesto 16 (puesto para jugar la Revalidación ante el segundo de la Liga 2, Carlos Stein). Pero dado que Carlos Stein ya había jugado la Revalidación y la había ganado en cancha, la FPF en un comunicado final resolvió que resultaba inejecutable que volviese a darse un partido de revalidación porque la temporada 2021 había culminado, con lo que se determinó que la Universidad San Martín conservaba la categoría en la Liga 1 sin la necesidad de tener que jugar el partido antes mencionado, definiéndose así que hayan 19 equipos para la temporada 2022.​

Sin embargo, debido a esta resolución, para enfrentar la Liga 1 2022, USMP no realizó pretemporada y contrató jugadores tardíamente. El club tuvo que jugar una gran cantidad de partidos con jugadores de su reserva y por esta razón el equipo tuvo un mal desempeño en el campo, fue muy irregular la mayoría de fechas del torneo y tuvo un récord de partidos consecutivos perdidos en esta temporada, incluyendo un 0-5 ante Alianza Lima por lo que como resultado, el club fue condenado al descenso. En la fecha 17 del Torneo Clausura 2022, el club empató 1-1 con la Universidad César Vallejo. En la fecha 18, el club santo volvió a ser derrotado por 1-2 contra Deportivo Municipal y finalmente descendió a la Liga 2 2023. En su último partido como equipo de Primera División, pierde por 1-2 con el Cienciano.

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