Cimarrones de Sonora FC

Los Cimarrones de Sonora nacieron el año 2013, cuando los "Rayos" del Poblado Miguel Alemán FC lograron el campeonato de la Tercera División de México y concretaron así su ascenso a la Segunda División.​ Tras el ascenso a segunda y teniendo como meta llegar a la Liga de Ascenso de México, empresarios, políticos y patronatos de origen hermosillense, encabezados por Edmundo Ruiz Gómez, adquirieron la franquicia en su totalidad, ya que esta contaba con un convenio con el Club Necaxa.​

Tras suceder esto, la Federación Mexicana de Fútbol Asociación le comunicó a los empresarios que la franquicia no tenía la aprobación para participar en la comisaría Miguel Alemán, ya que no contaba con los requerimientos mínimos de infraestructura, hotelería, transporte, etc. Fue entonces cuando los directivos decidieron trasladar la franquicia a Hermosillo, cambiando el nombre del club a "Cimarrones de Sonora" y teniendo como técnico a Enrique Ferreira.​

Fue así como el 10 de agosto el equipo jugó su primer partido en la Segunda División ante las Águilas Reales de Zacatecas, el cual terminó con el marcador empatado a cero goles.​ El 30 de agosto se registró la primera victoria al derrotar 2-1 a los Vaqueros de Ameca. Como resultado de su primer torneo, el Apertura 2013, el equipo terminó en la posición 17 de la tabla general. El siguiente torneo acabó de nuevo en la posición 17.

En el Torneo Apertura 2014 con Ángel Monares como técnico, el equipo mejoró significativamente. Terminó como líder del Grupo 1 de la Liga Premier y 4.º lugar general de la Segunda División. Cimarrones disputó la final contra la Universidad Autónoma del Estado de México. En el juego de ida Cimarrones salió vencedor 1-0 ante un estadio Héctor Espino a su máxima capacidad, sin embargo, en el partido de vuelta los Potros UAEM vencieron a los sonorenses en el estadio Alberto "Chivo" Córdoba por marcador de 2-0 en tiempos extras, terminando los Cimarrones como subcampeones del torneo.​

En el Clausura 2015 se cambió nuevamente de técnico y llegó Jorge Humberto Torres.​ El equipo terminó en la cuarta posición de la tabla general y fueron eliminados en semifinales por los Loros de la Universidad de Colima.​

Liga de Ascenso

El 29 de mayo de 2015, tras anunciarse la expansión de la Liga de Ascenso, se anunció que los "Cimarrones" jugarían a partir del segundo semestre del año, en la división de plata. Asimismo en torneo apertura 2016 clasificaron por primera vez a la liguilla en séptimo lugar, jugando contra Mineros de Zacatecas, empatando en el global 4-4, pero por goles de visita, clasificó Mineros.​

En el Torneo Apertura 2018 el Rebaño de la Montaña clasificó a la Liguilla de Ascenso situándose en el cuarto lugar de la tabla general, pero fueron eliminados por el Atlético San Luis en cuartos de final, luego de que el partido de ida, jugado en el Estadio Alfonso Lastras quedara 0-0, al jugarse el partido de vuelta los visitantes se llevaron la victoria, quedando el marcador 3-1. Esto ha sido lo más lejos que ha llegado el cuadro sonorense en su estancia en el circuito de plata del fútbol mexicano.

Para el Torneo Clausura 2017, los Cimarrones jugaban por primera vez desde su fundación la Copa MX, situándose en el grupo 1 junto a Club Xoloitzcuintles y Correcaminos de la UAT. Para el Torneo Apertura 2017 , los Cimarrones de Sonora jugaron en el Grupo 8 de la Copa MX junto a Club de Fútbol Pachuca y Querétaro. En la edición del Clausura 2019 quedó en el grupo 8 con el Club Guadalajara de Primera División y Cafetaleros de Tapachula de Liga de Ascenso.

Liga de Expansión

Después de la cancelación del Torneo Clausura 2020, la Federación Mexicana de Fútbol y la Liga MX decidieron desaparecer la categoría de ascenso por la inestabilidad económica que presentaban los equipos. Es así que para el Torneo Apertura 2020 nace la nueva Liga de Expansión MX.

El martes 18 de agosto de 2020 se ofició por primera vez un encuentro de la nueva Liga, enfrentándose en el Estadio Akron de la Ciudad de Zapopan el Club Deportivo Tapatío y Cimarrones de Sonora FC. El resultado del encuentro fue de 2-0 a favor del equipo sonorense, convirtiéndose así en el primer club en ganar un partido en la historia de la Liga de Expansión MX.​