El St. Pauli II es el segundo equipo de fútbol masculino del FC St. Pauli, un club de fútbol alemán con sede en Hamburgo. Juega en la Oberliga Hamburg, la quinta división del sistema de ligas de fútbol alemán.
El equipo fue fundado en 1961 como un equipo de reserva para el primer equipo del St. Pauli. En sus primeros años, jugó en las ligas regionales de Hamburgo. En 1975, el equipo ascendió a la Oberliga Nord, la tercera división del fútbol alemán en ese momento. El equipo jugó en la Oberliga Nord hasta 1981, cuando descendió a la Verbandsliga Hamburg, la cuarta división.
En 1988, el St. Pauli II ascendió a la Oberliga Nord nuevamente. El equipo jugó en la Oberliga Nord hasta 1994, cuando descendió a la Verbandsliga Hamburg nuevamente. En 2002, el equipo ascendió a la Oberliga Hamburg, donde juega actualmente.
El St. Pauli II ha ganado la Copa de Hamburgo en cuatro ocasiones, en 1976, 1979, 1981 y 2002. El equipo también ha ganado la Oberliga Hamburg en una ocasión, en 2002.
El St. Pauli II es un equipo popular entre los aficionados del St. Pauli, y sus partidos suelen atraer a un gran número de espectadores. El equipo es conocido por su estilo de juego ofensivo y su espíritu de lucha.