FC Flora Tallinn

El FC Flora fue fundado el 10 de marzo de 1990 por iniciativa de un grupo liderado por Aivar Pohlak, quien durante los años 1980 se esforzó en impulsar el fútbol en Estonia y después ha trabajado con la Asociación Estonia de Fútbol en distintos cargos. La plantilla se formó con jugadores procedentes de escuelas y clubes amateur como el Tallinna Lõvid, del que tomó su estructura. El propio Pohlak ejerció como delantero, entrenador y presidente en la primera temporada.​ En 1992 se convirtió en uno de los fundadores de la Meistriliiga, la máxima categoría estonia, de la que ha disputado todas las temporadas.​

La Asociación Estonia de Fútbol utilizó al Flora para desarrollar el fútbol en el país, en parte como equipo de formación para los jugadores de la selección estonia, aprovechando que Pohlak había asumido el cargo de asistente del combinado nacional en 1992.​ En esos primeros años contó con jugadores como Mart Poom y Martin Reim, que llegaron de las divisiones juveniles y luego marcharon al extranjero.​

El primer título de liga del Flora se consiguió en la temporada 1994 y no estuvo exento de polémica. A falta de una jornada para terminar, el líder F. C. Tevalte fue descalificado por presunto amaño de partidos, y el vencedor se decidiría entre el segundo y tercer clasificados, Flora y Norma Tallin, empatados en puntos.​ En protesta por la decisión, el Norma salió al campo solo con juveniles y el Flora ganaría por 5:2. Los verdiblancos revalidaron su título al año siguiente.​

Con la desaparición de otros clubes de Tallin como el Norma, Tevalte y el Lantana, el Flora Tallin se convirtió en el principal equipo de la capital. En sus mejores años ganó cinco ligas entre 1997 y 2003. La irrupción del FC Levadia Tallinn ha servido para que el Flora desarrolle una rivalidad nacional en la lucha por los títulos.​

En 2021 se convirtió en el primer representante estonio en llegar a la fase de grupos de un torneo europeo de clubes, la Liga Europa Conferencia de la UEFA.​