Grecia

En 1998 un grupo de vecinos de Grecia, liderados por el exdiputado Everardo Rodríguez se dieron a la tarea de brindarles una nueva opción deportiva a este cantón alajuelense, los griegos sintieron la necesidad de contar con un equipo de fútbol en su comunidad, lo que les motivó buscar una franquicia que le diera la oportunidad de jugar en el fútbol no aficionado. El sueño de los griegos se hizo realidad cuando tomaron la franquicia del equipo American FC de Alajuela, y así se fundó el Municipal Grecia un 16 de agosto de 1998.​

Primera Junta Directiva

La primera junta directiva, fundadora de la Asociación Deportiva Municipal Grecia. Su primer presidente fue el Dr. Luis Fernando Barrantes Ramírez.

• Presidente: Dr. Luis Fernando Barrantes Ramírez
• Vicepresidente: Lic. Francisco Murillo Quesada
• Secretario: Lic. Norman Muñoz Moraga
• Vocales: Lic. Adrián Barquero Saborío y Omar Rodríguez Bastos
• Tesorero: Lic. Jorge Ignacio Blanco Ugalde
• Fiscal: Lic. Rodolfo Alfaro Morera

Debut

El debut se dio el domingo 13 de setiembre de 1998 en el Estadio Luis Ángel Calderón, donde igualaron a dos goles con el equipo de Puriscal, al mando del director técnico Eduardo Torres, en ese primer año se ubicaron en la cuarta casilla de la liga de promoción. En esa ocasión las dos anotaciones griegas fueron por parte de Randall Pitufo Cortés.

En la temporada 2003-2004 obtuvieron el subcampeonato de apertura, la final la disputaron contra la Asociación Deportiva Cartagena, el primer juego lo igualaron a dos goles en el estadio Allen Riggioni, y en casa de los pamperos cayeron 2 a 1 en esa oportunidad la prensa deportiva nombró al Municipal Grecia como equipo revelación de la temporada, en la era de Mauricio Montero como director técnico.

Primer campeonato

En la temporada 2007-2008,​ al mando del director técnico uruguayo Hernán Fernando Sosa, el Municipal Grecia se proclamó campeón de apertura en la liga de ascenso al ganar la serie ante el Saprissa de Corazón;​ partido disputado en el estadio Ricardo Saprissa el 26 de diciembre del 2007, con un marcador de cero a cero. En el primer juego el Municipal Grecia había vencido 2-1 al conjunto morado.

Meses más tarde, el Municipal Grecia perdió la final por el ascenso ante Ramonense al caer en la tanda de penales; partido disputado en el estadio Guillermo Vargas el 25 de mayo del 2008.

Temporada 2016-2017

Para la Temporada 2016-17 el equipo toma un nuevo aire tras ser administrado por una agrupación liderada por los exfutbolistas Walter Centeno, Fernando Paniagua y Allan Alemán, tomando el cargo de entrenador, Gerente deportivo y jugador, respectivamente.

En el Torneo Apertura 2016 el equipo clasifica de primero en el grupo B y de la General con 29 puntos; diez partidos ganados, dos empatados y tres perdidos. Siendo además el equipo más goleador de la fase clasificatoria con 41 goles a favor y 18 en contra.

Sin embargo ante la sorpresa de todos, el Municipal Grecia quedó eliminado en cuartos de final ante el Uruguay de Coronado, quién había avanzado de último como un mejor tercero y que consiguió llegar a la final del certamen ante Jicaral, la cual perdió.

En el Torneo de Clausura 2017 se proclama campeón por segunda vez en su historia tras un inicio de campeonato un poco complicado, logró su clasificación a los cuartos de final como uno de los mejores terceros lugares de grupo, en estas instancias se enfrentó al AS Puma Generaleña el cual derrotó por marcadores de 3 a 2 y 4 a 2 en los juegos de ida y vuelta respectivamente. En semifinales se enfrenta al Municipal Turrialba en una serie muy pareja en la cual ambos encuentros terminan con empate a 1 gol, el equipo logra su boleto a la final mediante los lanzamientos desde el punto de penal donde vencieron a su rival 2 a 0. En la final del torneo se enfrentó al equipo de Jicaral Sercoba logrando la victoria en el juego de ida por un marcador de 3 a 2 y un empate a 2 goles en el juego de vuelta consiguiendo de esta manera el título de clausura y el derecho a disputar la gran final por el ascenso ante el campeón del Torneo de apertura 2016, el mismo Jicaral Sercoba.

En la gran final, el juego de ida se desarrolló en el estadio de la Asociación Cívica Jicaraleña en el cual Jicaral Sercoba logra sacar la ventaja al vencer 2 a 1, sin embargo, en el juego de vuelta el equipo logra remontar con un marcador de 3 a 0 obteniendo así por primera vez en su historia el ascenso a la máxima categoría del fútbol costarricense.