Atlético Cali FC

El club fue fundado a finales del 2004 como Pereira FC por Habib Merheg tras adquirir los derechos deportivos del desaparecido Real Sincelejo, esto como medida preventiva que buscaba evitar que la capital de Risaralda se quedará sin fútbol profesional ante una posible quiebra del Deportivo Pereira. Siendo que Deportivo Pereira pudo saldar su crisis económica y seguir jugando en la ciudad homónima el Pereira FC cambiaría de administradores y accedería al profesionalismo en 2005​ bajo el nombre de Depor FC e iniciaría jugando en el vecino municipio de Cartago, departamento del Valle del Cauca.​

Al año siguiente, el club se trasladó al municipio de Jamundí, en el mismo departamento. Durante las temporadas 2006​ y 2008 su sede fue el Estadio Cacique Jamundí. Su máximo logro fue el haber clasificado dos veces a los cuadrangulares semifinales en el 2007​ y 2008​ en el torneo finalización bajo el mando del entrenador Julio Valdivieso.

Para el 2009​ se trasladó nuevamente de sede, esta vez su hogar fue el Distrito de Aguablanca de la ciudad de Santiago de Cali, capital del departamento vallecaucano. Esto se realizó sin que hubiera venta del club o cambio de directivos.​

Cabe resaltar que el principal motivo fue la falta de apoyo en Jamundí, y el apoyo brindado por las Empresas Municipales de Cali (EMCALI) como parte de un trabajo social con jóvenes en el sector de Aguablanca.​

El equipo juega sus partidos como local en el Estadio Olímpico Pascual Guerrero. Durante el 2010​ se trasladó temporalmente a Jamundí​ debido a las remodelaciones hechas en el estadio Pascual Guerrero, al cual retornaría para la segunda parte de la temporada 2011, una vez finalizada la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA.

En la campaña 2014​ el club viene luchando con altibajos en la Primera B, sin embargo las divisiones menores vienen cosechando triunfos en dos torneos nacionales y uno internacional bajo el mando del entrenador Fatmir Pérez Mardini.

Para el 2015​ se creía que desaparecería pero su presidente desmintió estos rumores y el club seguirá en la ciudad de Cali.

Crisis institucional

En 2016 el entonces Depor entró en una crisis institucional que por poco lleva a su desaparición, esto a raíz de irregularidades con respecto a la compra de los derechos deportivos del desaparecido club Real Sincelejo.

En 2005 el representante legal de Real Sincelejo Edgar Paternina Revollo vendió sin autorización de la junta directiva los derechos deportivos del equipo al Club Deportivo Pereira S.A..​ (no confundir con la Corporación Cultural, Social y Deportiva de Pereira), equipo que luego se trasladó a Cartago y asumió el nombre de Depor Cartago.​

En 2009 ante la denuncia de la junta directiva del Real Sincelejo la Fiscalía General de Colombia abrió investigación al respecto, lo que seis años después conduciría a que Tribunal Superior del Distrito Judicial de Sincelejo dictó sentencia contra Paternina, condenando a tres años de prisión, y a que la venta de los derechos deportivos de Real Sincelejo fuera anulada por vicios de trámite. Fue así como en 2015 la junta directiva del Real Sincelejo recobró los derechos deportivos, sin embargo por falta de presupuesto y carencia de nómina se planteaba imposible buscar disputar el torneo de ascenso 2016;​ ante dicha perspectiva los directivos de Real Sincelejo consideraron la posibilidad de vender los derechos deportivos al equipo de fútbol aficionado Tolima Real, del padrastro del jugador de la Selección Colombia James Rodríguez el cual aspiraba a acceder al profesionalismo.

A principios de 2016​ las directivas de Tolima Real iniciaron la disputa en torno a su pretendido derecho a jugar el torneo de ascenso ya que el fallo judicial había dejado sin efectos la venta de la ficha del entonces Real Sincelejo; a lo anterior se sumó que obrando conforme a dicho fallo Coldeportes quitó el reconocimiento deportivo al Depor FC, lo cual no le permitió jugar en la fecha correspondiente las primeras fechas del torneo de ascenso y la Copa Colombia de 2016.​

Ante lo complejo de la situación finalmente los directivos del Depor FC decidieron acabar dicha institución y refundarla el 15 de diciembre de 2015.​ Sobre sus mismas bases el Atlético Fútbol Club, o simplemente Atlético FC y buscar su reconocimiento deportivo apelando esta vez ante la Superintendencia de Sociedades,​ argumentando que en cuanto al caso de Real Sincelejo, el Deportivo Pereira, y por ende el Depor FC, figuraba como un tercero ajeno a un proceso penal.​ Finalmente la Superintendencia de Sociedades falló a favor de los directivos del ahora Atlético FC, falló que se tomó como vinculante para Coldeportes y a su vez para la Dimayor.​

Por su parte los directivos del Tolima Real manifestaron que ningún ente estaba por encima de la fiscalía y que la decisión de la Dimayor se tomó en busca de favorecer los intereses del Atlético FC y el Deportes Tolima; pese a todo ello sus reclamos no tuvieron ningún efecto.​​

2016 al 2021

Superados los problemas jurídicos Atlético pudo jugar los dos torneos en que estaba inscrito, quedando último en la clasificación general del torneo de ascenso y segundo en su grupo de Copa Colombia, no obstante sin poder acceder a jugar segunda ronda del torneo al ser el peor equipo clasificado en segundo puesto. A lo largo de la temporada Atlético tuvo un muy pobre desempeño habiendo ganado solo 8 juegos de 38 disputados.

En el torneo apertura de la temporada 2021-I clasificó de octavo a los cuadrangulares del Torneo de Ascenso donde quedó cuarto del Grupo B.​​