El 23 de junio de 1923 fue inscrito el FC Manacor como equipo de fútbol y un año después se incorporaba a la Federación Catalana de Fútbol. Durante la década de los años veinte tuvo actuaciones muy destacadas en el campeonato insular.
A lo largo de los años cuarenta el CD Manacor se convirtió en uno de los mejores conjuntos de las Islas. Ganó el campeonato regional de Baleares de la temporada 1944-45 contra el CD Alayor; el de 1945-46 contra el CD Ciudadela (actualmente desaparecido); y el de 1948-49 contra el CD Menorca.
En la temporada 1949-50 debutó en la Tercera División y estuvo veintiuna temporadas consecutivas en esta categoría. El éxito de esta época fue compartido con el Atlético Baleares en los diversos campeonatos de liga. En la temporada 1957-58 ganó la Copa Uruguay, dada por el cónsul de este país a la Federación Balear de Fútbol.
Los setenta fueron años de crisis deportiva para el club. Descendió a categorías regionales y tuvo únicamente dos participaciones en Tercera División (1973-74 y 1978-79) con tan mala fortuna que el equipo no pudo evitar los descensos consiguientes.
Los años ochenta fueron una época mejor para el club. Recuperó la Tercera División y logró su primer ascenso a Segunda B, permaneciendo dos temporadas (1984-85 y 1985-86). En los años noventa el club militó dos temporadas más en Segunda B (1990-91 y 1993-94) aunque en ninguna de las dos ocasiones logró evitar el descenso.
En la temporada 2008-09 el club descendió a categorías regionales después de casi 30 años de no hacerlo; pero después de dos ascensos consecutivos se plantó nuevamente en Segunda B por quinta vez en la temporada 2010-11, aunque tampoco pudo evitar el descenso. Actualmente milita en Tercera División.
Clasificaciones en Liga
- 1939-40: 2ª Regional (2º)
- 1940-41: 2ª Regional (1º)
- 1941-42: 1ª Regional (2º)
- 1942-43: 1ª Regional (6º)
- 1943-44: 1ª Regional (3º)
- 1944-45: 1ª Regional (1º)
- 1945-46: 1ª Regional (1º)
- 1946-47: 1ª Regional (4º)
- 1947-48: 1ª Regional (3º)
- 1948-49: 1ª Regional (1º)
- 1949-50: 3ª División (3º)
- 1950-51: 3ª División (4º)
- 1951-52: 3ª División (10º)
- 1952-53: 3ª División (6º)
- 1953-54: 3ª División (8º)
- 1954-55: 3ª División (3º)
- 1955-56: 3ª División (4º)
- 1956-57: 3ª División (4º)
- 1957-58: 3ª División (4º)
- 1958-59: 3ª División (4º)
- 1959-60: 3ª División (1º)
- 1960-61: 3ª División (7º)
- 1961-62: 3ª División (3º)
- 1962-63: 3ª División (5º)
- 1963-64: 3ª División (4º)
- 1964-65: 3ª División (7º)
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- 1965-66: 3ª División (7º)
- 1966-67: 3ª División (7º)
- 1967-68: 3ª División (7º)
- 1968-69: 3ª División (13º)
- 1969-70: 3ª División (19º)
- 1970-71: 1ª Regional (2º)
- 1971-72: 1ª Regional (2º)
- 1972-73: Reg. Preferente (2º)
- 1973-74: 3ª División (20º)
- 1974-75: Reg. Preferente (3º)
- 1975-76: Reg. Preferente (11º)
- 1976-77: Reg. Preferente (10º)
- 1977-78: Reg. Preferente (4º)
- 1978-79: 3ª División (20º)
- 1979-80: Reg. Preferente (1º)
- 1980-81: 3ª División (6º)
- 1981-82: 3ª División (3º)
- 1982-83: 3ª División (2º)
- 1983-84: 3ª División (2º)
- 1984-85: 2ª División B (17º)
- 1985-86: 2ª División B (16º)
- 1986-87: 3ª División (8º)
- 1987-88: 3ª División (3º)
- 1988-89: 3ª División (4º)
- 1989-90: 3ª División (1º)
- 1990-91: 2ª División B (19º)
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- 1991-92: 3ª División (2º)
- 1992-93: 3ª División (1º)
- 1993-94: 2ª División B (20º)
- 1994-95: 3ª División (6º)
- 1995-96: 3ª División (6º)
- 1996-97: 3ª División (4º)
- 1997-98: 3ª División (9º)
- 1998-99: 3ª División (5º)
- 1999-00: 3ª División (3º)
- 2000-01: 3ª División (4º)
- 2001-02: 3ª División (7º)
- 2002-03: 3ª División (3º)
- 2003-04: 3ª División (12º)
- 2004-05: 3ª División (2º)
- 2005-06: 3ª División (10º)
- 2006-07: 3ª División (9º)
- 2007-08: 3ª División (10º)
- 2008-09: 3ª División (18º)
- 2009-10: Reg. Preferente (1º)
- 2010-11: 3ª División (1º)
- 2011-12: 2ª División B (19º)
- 2012-13: 3ª División (6º)
- 2013-14: 3ª División (10º)
- 2014-15: 3ª División (19º)
- 2015-16: Preferent (10º)
- 2016-17: Preferent (1º)
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- 2017-18: 3ª División (12º)
- 2018-19: 3ª División (17º)
- 2019-20: 3ª División (15º)
- 2020-21: 3ª División (Posición no definida debido a la liga implementada por la FFIB a causa del COVID)
- 2021-22: 3ª División (2º)
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- Ascenso
- Descenso