La selección de fútbol sub-21 de Honduras es el equipo representativo del país en la categoría sub-21. Es controlado por la Federación Nacional Autónoma de Fútbol de Honduras (FENAFUTH).

La selección ha participado en varios torneos internacionales, incluyendo el Campeonato Sub-20 de la Concacaf y la Copa Mundial Sub-20 de la FIFA. Honduras ha sido dos veces campeón del Campeonato Sub-20 de la Concacaf, en 1982 y 1994, y ha participado en cuatro Copas Mundiales Sub-20, en 1985, 1995, 2005 y 2009.

La selección sub-21 de Honduras ha sido una de las más exitosas de la región de la CONCACAF, y ha producido varios jugadores que han pasado a jugar en equipos profesionales de todo el mundo. Algunos de los jugadores más notables que han jugado para la selección sub-21 de Honduras incluyen a David Suazo, Carlo Costly, Maynor Figueroa y Emilio Izaguirre.