FK Kauno Zalgiris II

El equipo fue fundado en 1947 como «Dinamo Vilnius» por las autoridades de la República Socialista Soviética de Lituania, con el objetivo de aglutinar a los mejores futbolistas lituanos en un solo equipo con sede en Vilna.​ Desde su creación compitió en el sistema de ligas de la Unión Soviética, a diferencia de otros clubes lituanos que quedaron relegados a la liga republicana. En 1948 el equipo pasó a llamarse «Spartak Vilnius» y a partir de 1962 adoptó el nombre de «Žalgiris Vilnius».​

Durante los años 1960 el equipo consiguió encadenar cuatro ediciones consecutivas en la Primera División de la URSS, desde 1959 hasta 1962. Después de dos décadas en las categorías inferiores, retornó a la élite como campeón de Segunda División en la temporada 1982. La pieza clave en la reconstrucción del club fue el exjugador y entrenador Benjaminas Zelkevičius, al frente de los vilneses desde 1977 hasta 1990.​ El Žalgiris registró sus mejores resultados en la década de 1980, incluyendo un tercer puesto en la temporada 1987 y la medalla de oro de la Universiada 1987 en representación de la Unión Soviética.​ Las estrellas de aquel equipo eran el centrocampista Arminas Narbekovas y el delantero Valdas Ivanauskas, quienes más tarde hicieron carrera profesional en el fútbol internacional.​

Tras la independencia de Lituania, el Žalgiris abandonó el sistema de ligas soviético para integrarse en la nueva Federación Lituana de Fútbol. Los resultados en las primeras temporadas fueron positivos gracias a la conquista de dos ligas (1991 y 1991-92) y tres copas (1991, 1993 y 1994), todas ellas bajo el liderazgo del ariete Edgaras Jankauskas. No obstante, el equipo ganó su última liga en 1999 y a continuación se vio eclipsado en los años 2000 por el emergente FBK Kaunas.​

La crisis económica de Lituania tuvo un impacto negativo sobre el fútbol nacional. En 2008 el propietario Vadim Kastujev fue arrestado por evasión de impuestos, por lo que el histórico Žalgiris se quedó sin apoyo financiero y al borde de la desaparición.​ Luego de que la Federación les retirase la licencia profesional, en 2009 los socios tomaron el control del club para refundarlo como «VMFD Žalgiris» y competir desde la segunda división.​ Un año más tarde regresó a la máxima categoría.​

Con la desaparición del FBK Kaunas y del Ekranas, el Žalgiris volvió a dominar la competencia nacional. En 2012 puso fin a la mala racha de resultados al conquistar la Copa Lituana, y después encadenó cuatro ligas consecutivas desde 2013 hasta 2016. La entidad ha recuperado su nombre tradicional en 2015.​