El Atlas Fútbol Club Sub-20 es un equipo de fútbol mexicano que participa en la Liga MX Sub-20. Es la categoría juvenil del Atlas Fútbol Club, uno de los equipos más exitosos del fútbol mexicano con 13 títulos de liga.

El Atlas Sub-20 ha ganado tres títulos de liga, en los torneos Apertura 2011, Apertura 2017 y Clausura 2019, además de un título de Copa MX Sub-20 en el Clausura 2017.

El equipo juega sus partidos de local en el Estadio Jalisco, con capacidad para 55.020 espectadores.

El Atlas Sub-20 está dirigido por el entrenador José Guadalupe Cruz, quien fue jugador del Atlas en la década de 1990.

Algunos de los jugadores más destacados que han pasado por el Atlas Sub-20 son:

* Andrés Guardado
* Jonathan dos Santos
* Marco Fabián
* Raúl Jiménez
* Javier Aquino
* Édgar Pacheco
* Omar Bravo
* Rafael Márquez