El Carl Zeiss Jena II es un equipo de fútbol alemán de la ciudad de Jena, Turingia. Es el segundo equipo del Carl Zeiss Jena, que juega en la 3. Liga, la tercera división del fútbol alemán.

El Carl Zeiss Jena II fue fundado en 1956 como BSG Motor Jena II, y jugó en las ligas regionales de Alemania Oriental hasta la reunificación alemana en 1990. Después de la reunificación, el equipo jugó en la NOFV-Oberliga Süd, la cuarta división del fútbol alemán, hasta 2008, cuando ascendió a la Regionalliga Nord, la tercera división.

El Carl Zeiss Jena II jugó en la Regionalliga Nord hasta 2012, cuando descendió a la NOFV-Oberliga Süd. En 2015, el equipo volvió a ascender a la Regionalliga Nord, donde jugó hasta 2019. En 2019, el equipo descendió a la NOFV-Oberliga Süd, donde juega actualmente.

El Carl Zeiss Jena II ha ganado la NOFV-Oberliga Süd en dos ocasiones, en 2008 y 2015. El equipo también ha ganado la Thüringer Landespokal, la copa regional de Turingia, en dos ocasiones, en 2007 y 2015.

El Carl Zeiss Jena II juega sus partidos como local en el Ernst-Abbe-Sportfeld, un estadio con capacidad para 12.600 espectadores. El estadio fue construido en 1932 y es el hogar del Carl Zeiss Jena desde 1954.